実在の法医学・人類学者でありベストセラー作家であるキャシー・ライクスがモデルの主人公、法人類学者であり人気作家であるテンペランス・ブレナン博士を中心に展開するドラマ「ボーンズ~骨は語る~」はダークな側面を持つ刺激的な刑事ものミステリー系ドラマ。
殺人容疑で拘置所に収監されてしまったブース。ブレナンは検事の汚職の情報を手に入れ起訴を取り下げさせる。釈放されたブースは自分を陥れた犯人捜しに没頭するが…。
ブースを陥れた陰謀の捜査を続けるブレナンたち。ブースは製薬会社の社長が黒幕と睨むが、陰謀に関わる人々の関係図を作ったところFBIとの意外なつながりが見えてくる。
橋の下で排水溝にはさまった死体が見つかる。被害者はラジオ番組のホスト、ハッチ・ホワイトハウスと判明。遺体の傷を分析した結果、SMプレイをしていたことが発覚する。
川岸に打ち上げられた死体が見つかる。被害者はゲームデザイナーのヘイズ・ロバートソンと判明。被害者の同居人やゲーム会社の社員が容疑者として浮上するが…。
科学捜査の専門家が集う法医科学会議で焼死体が見つかる。ブレナンたちは展示品を使いその場で調査を開始。被害者はホッジンズと古い確執がある同業の女性と判明するが…。
野原で中国人のメイドの遺体が見つかる。ブースが派遣元の経営者の家を捜索すると、地下室に大勢の中国人女性が閉じ込められているのを発見。人身売買の疑いがもたれる。
公園の回転遊具の中から男性の死体が見つかる。被害者は投資運用会社の敏腕トレーダーだった。彼の上司や同僚が容疑者に浮上する中、オーブリーは金融関係者に敵対心を見せる。
酸で溶けかかった死体がラボに運ばれてくる。被害者は有名なパズル作家、ローレンス・ブルックスと判明。前日にストーカーらしき男が訪ねて来ていたことが分かるが…。
あるバラバラ死体の一部がラボへ運ばれてくる。ブレナンは仲間と残りの部位を回収。被害者は大学の心理学の教授で、助手と共に異常な心理実験を行っていたことが判明する。
大富豪の屋敷に忍び込んだ宝石泥棒のブースは、殺人容疑をかけられる。だがロス市警のブレナン巡査は犯行の手口から真犯人は別にいると考え、ブースに捜査への協力を求める。
公園の木の洞から液状化した死体が出現し、被害者は女性霊能者と判明。彼女の同業者や牧師である父親が浮上する中、霊能者のアバロンが捜査への協力を申し出てきて…。
廃業した書店で女性の死体が見つかる。被害者は高校教師のミアと判明。勤務先の学校の教室で殺人を意味するメモを発見したブースは、それを書いた男子生徒から事情を聞く。
何者かに追われる元囚人の男が鉱山の爆破に巻き込まれ死亡。彼は元犯罪者を支援するベーカリーで働いていた。一方バジリは兄が病気だと知り、イランへ戻ろうと考えるが…。
ミニゴルフの選手、トロイの遺体が見つかる。ブースとブレナンはトロイに大金を投資していた夫妻に会いに行く。そんな中、ブレナンの父マックスが逮捕され…。
ブレナンの第二子懐妊に夫婦が大喜びする中、産業用粉砕機から引越会社で働く男の遺体が見つかる。彼が闇ポーカーをしていたことが分かり、ブースは潜入捜査を試みるが…。
公園で男性の死体が見つかる。被害者は大衆レストランの評論家と判明。死亡前にブースたちがよく行くダイナーを酷評していたことが分かる。シェフが容疑者となるが…。
行方不明中の女子高生が小川で遺体となり発見される。法定強姦罪の前歴がある男が浮上する中、被害者の日記が見つかり、彼女が学校でいじめられていた事実が発覚する。
連続殺人犯として逮捕されたアレックス・ロックウェルの死刑が2日後に迫り証拠を見直すブレナン。すると冤罪の可能性が浮上。被害者たちの遺体を再調査することになる。
兄の治療のためイランへ戻ったバジリを、議員のナマジが拉致し、彼の息子の死の真相を探るよう要請。かけつけたブースやカミールと共に、アメリカの仲間と連絡を取りながら調査が始まる。
川で死体が見つかり、被害者はクッキージャーのコレクターと判明。オークションでのトラブルが浮上する。一方、ブースはギャンブル依存症を克服するために会合に通い始め…。
山火事の中から焼死体が見つかる。被害者はバイクギャング団の元メンバーだったが、服役後は恋人とヨガスタジオを開いていた。昔の仲間や同業のヨガ講師が容疑者に浮上するが…。
公園のオベリスクに刺さった男性の死体が見つかり、犯行の手口から連続殺人犯ペラントの模倣犯の存在が浮上する。ブレナンはこの事件を最後に転職しようと考えるが…。