La moglie di un giudice viene uccisa nel suo garage sull'auto di suo marito. Don e la sua squadra controllano i casi del giudice per determinare se uno dei suoi verdetti può condurre all'assassino.
Una donna tenta di rapinare una gioielleria a Beverly Hills consegnando al proprietario del negozio un foglietto con scritto che deve consegnare i diamanti se vuole riavere la moglie e la figlia. Dopo la consegna dei diamanti, la donna viene colpita e uccisa da una guardia di sicurezza della gioielleria. Don dovrà scoprire dove si trovano i due rapiti.
L'FBI indaga su una popolare cantante minacciata da un intruso in casa sua, la quale rivela di aver ricevuto numerose lettere minatorie.
Don e Megan sono chiamati sulla scena dell'omicidio di una CFO di una potente azienda produttrice di energia - che doveva testimoniare contro i suoi colleghi indagati per una grossa truffa finanziaria - è assassinata davanti alla sua casa e suo figlio è l'unico testimone.
L'ultimo membro di una famiglia di politici colombiani è il bersaglio di un attentato imminente sul suolo statunitense. Don, con David Sinclair ed il nuovo agente della FBI Colby Granger, scopre un codice segreto durante l'incursione e chiede l'aiuto del Charlie per decifrarlo.
Una lunga serie di esercitazioni contro il terrorismo sono programmate dalla Homeland Security a Los Angeles, ma la prima esercitazione viene violata da qualcuno che libera un gas potenzialmente mortale. In questo episodio c'è un clamoroso errore nella ricostruzione temporale della vita del giovane Charlie. Si fa riferimento al fatto che i due fratelli Eppes fossero nella stessa classe all'ultimo anno di liceo, quando il precoce Charlie aveva solo 13 anni. Don, quindi, ne doveva avere 18 (al massimo 20 se fosse stato un pluriripetente). Così dicendo, la differenza d'età tra i due fratelli dovrebbe essere solo di 5-7 anni; ciò non è nella realtà (i due attori sono nati rispettivamente nel 1962 e nel 1978) e non lo è platealmente nella fiction, osservando l'aspetto dei personaggi.
Don investiga su una serie di infrazioni domestiche in cui i ladri rubano soltanto gli articoli high-end dagli individui ricchi. Nel frattempo, un vecchio avversario di Charlie mette in discussione un suo vecchio lavoro.
Megan si ritiene responsabile della morte di un agente a seguito di un'esplosione in una casa dove era la responsabile dell'operazione per catturare un sospetto spacciatore.
Don apprende che qualcuno sta avvelenando i medicinali di una ditta farmaceutica dopo che quattro persone quasi muoiono per l'alterazione.
Un donna ricercatrice, specializza nelle antichità dei nativi americani, è attaccata ed uccisa al museo mentre stava cercando di datare un antico reperto. Il museo è situato in territorio federale, per questo l'FBI è incaricata del caso.
Un incendiario, ritenuto di far parte di un gruppo di ambientalisti integralisti, da fuoco ad una concessionaria d'automobili dove uccide un commesso.
Un membro di una banda viene trovato morto. Don, con la sua squadra, scopre che la vittima era un agente dell'FBI che agiva sotto copertura.
Indagando sull'omicidio di uno studente, Don scopre che le vite di molti studenti del college sono in pericolo.
Un'adolescente asiatica del sud è trovata nello scantinato di hotel, apparentemente sembrava stata torturata. Le indagini presto riveleranno che la ragazza, con altre tre donne mancanti, è vittima del mercato nero degli organi.
Un sintetizzatore del DNA con la capacità di modificare le malattie è rubato dalla città universitaria in cui Charlie insegna, Don teme che i ladri possano essere terroristi che vogliono iniziare o avanzare un programma di bio-guerra.
Un pedone è ucciso quando una bomba artigianale esplode sotto un'automobile fuori da un centro di reclutamento dell'esercito in città. La ricerca rivela che un attentato simile si è verificato esattamente 35 anni fa ad un ufficio della ROTC e che ha ucciso due genti.
Tre donne, immigrate clandestine, vengono trovate morte su un terreno di proprietà dello Stato in una zona isolata. Don investiga ed apprende che un sensitivo ha condotto la polizia sulla scena del crimine dopo aver avuto delle visioni riguardanti i cadaveri delle donne. Charlie è estremamente infastidito dal fatto che Don si avvalga dell'aiuto del sensitivo per risolvere il caso e rifiuta di riconoscere che i sensitivi esistano.
Per trovare l'assassino di una donna irachena, Don chiede l'aiuto della cugina della vittima, che vive a Los Angeles. Attraverso la cugina della donna, Don acquisisce informazioni sul collegamento preoccupante della donna con la Guardia repubblicana irachena, in grado di condurre al suo assassino.
Don e la sua squadra indagano su una sparatoria in una scuola.
Un'agente dell'ATF viene trovata morta in casa sua. La donna è una ex compagna di Don.
Un uomo ingaggia una sparatoria all'interno del palazzo dell'FBI. Si indaga su cosa lo abbia spinto a quel gesto.
Un'organizzazione criminale ordina a dei ragazzi di commettere frodi in Internet sui conti bancari. Don è uno dei bersagli.
Cinque ragazze cinesi, di cui una con l'influenza aviaria vengono trovate morte sulla spiaggia. Si indaga da dove possano venire.
Due donne vengono trovate morte in auto in stato di apparente overdose. Mentre Don indaga Charlie ha un sogno su sua madre.