Clark riesce a scappare dalla Zona Fantasma con l'aiuto di un alleato inaspettato. Inizia poti a cercare i pericolosi prigionieri fuggiti, erroneamente, con lui dalla prigione e arrivati sulla Terra. Oltre a questo, un nuovo vigilante arriva a Metropolis: Frecci Verde. Nel frattempo, Lex e Lana portano la loro relazione a un nuovo livello. Durante la serie, il contrasto tra Clark e Lex cresce in una continua lotta tra bene e male.
Clark, senza poteri, è intrappolato nella Dimensione Fantasma, circondato da criminali imprigionati lì da Jor-El. Tuttavia, un inaspettato alleato arriva in suo aiuto. Nel frattempo, Zod, nel corpo di Lex, porta avanti il suo piano di trasformare la Terra in una nuova Krypton.
Dopo la distruzione causata da Zod, Clark scopre un nuovo potere. Lois trova un nuovo lavoro, Lana e Lex continuano la loro relazione, mentre Lex ha a che fare con nuovi periodi. Nel frattempo, un vecchio amico del magnate è arrivato a Metropolis.
Clark e Chloe inseguono una creatura vegetale che usa gli umani per riprodursi dopo che ha rapito Jimmy Olsen. Nel frattempo, Oliver Queen chiede a una riluttante Lois di essere la sua ragazza per un ricevimento di beneficenza organizzato da Lex.