Quando una rapina causa la morte di un poliziotto, Frank è determinato a fare giustizia e a catturare il colpevole.
Un famoso attore aiuta Danny a calarsi nella parte che dovrà interpretare nel suo prossimo film. Intanto, Frank tenta di stabilire un rapporto con i suoi agenti.
Durante un processo, un informatore punta una pistola alla tempia di Erin e Danny si ritrova a dover fare da negoziatore. Intanto, Jamie è in punizione.
L'ultimo caso di Danny e Maria riguarda un senzatetto che potrebbe essere coinvolto nella morte di un teenager. Intanto, il nuovo Ispettore Generale incontra Frank.
Si segue il caso di un apparente rapimento di una ragazzina, anche se i genitori insistono che c'è un malinteso. Frank è alle prese con il cappellano del Dipartimento quando viene fermato per guida in stato di ebrezza.
Jamie deve affrontare le conseguenze delle sue azioni dopo la morte di un membro di una gang. Baez lavora sotto copertura per scoprire se l'ex fidanzata di Danny sta spacciando droga.
Il Sindaco Poole mette il Dipartimento sotto attento scrutinio dopo aver ricevuto rimostranze di eccesso di brutalità. Gli agenti indagano sull'omicidio di un finanziere di Wall Street.
Frank sfugge alla morte per un soffio durante la sparatoria diretta contro Angelo Gallo, noto avvocato della mafia con cui si era incontrato per cena. Danny sta lavorando come giurato in un caso di omicidio.
Le indagini di Danny e Baez su un omicidio portano a sospettare di Jave, il fratello di Baez. Frank sta indagando sulle accuse di brutalità mosse contro un pastore tedesco nell'unità K-9. Henry sta indagando sulla vedova di un poliziotto che potrebbe essere coinvolta nella sua morte.
Danny e Baez incontrano resistenza in una comunità mentre indagano su un attentato dinamitardo. Frank affronta una situazione delicata quando un uomo aggredisce un poliziotto durante un interrogatorio.
Danny indaga su un suo amico di infanzia, Mickey, che potrebbe avere delle relazioni con la criminalità organizzata.
Frank e Danny stanno lavorando per arrestare il distributore di un nuovo tipo di eroina dalla mistura letale.
Danny e Baez sono sulle tracce di un marine affetto da PTSD. Una donna è in cerca di giustizia per sua figlia, assassinata, e affronta Frank durante una conferenza stampa.
Baez e Danny sono alla ricerca dell'assassino di una nota drag queen ritrovata assassinata in un parco. Erin viene rapita dalla madre di uno spacciatore sotto accusa e decide di riesaminare il caso.
Danny sta lavorando a un caso di rapimento che lo riporta indietro con la memoria a un caso simile su cui ha lavorato anni fa. Frank e Kelly Peterson sono in contrasto su come gestire un programma che permette a Frank di gestire risorse oltreoceano.
Danny riceve la telefonata di una ragazza che vuole suicidarsi dopo aver ucciso l'uomo che anni prima, guidando ubriaco, ha ucciso i suoi genitori. Danny tenta di convincerla a desistere.
Una donna incinta è vittima di un gioco di adolescenti che aggrediscono persone a caso e senza motivo. Danny e Baez indagano, mentre Frank è indeciso se promuovere un ufficiale, perché teme di essere accusato di favoritismi.
Danny indaga sulla morte in circostanze misteriose della moglie di un medico, la quale si era sottoposta ad un intervento di chirurgia estetica per risultare più attraente agli occhi del marito. Nel frattempo Frank chiede a Jamie di indagare in segreto su un vecchio caso, mentre Erin conosce un avvocato durante una serata di "speed dating" e finisce per trovarselo contro in aula.
Danny e Baez indagano sull’omicidio di un rispettabile insegnante di un college che era coinvolto in un discutibile programma di borse di studio. Nel frattempo, Danny scopre che il padre gli ha tenuto nascosto che il procuratore sta indagando su di lui per procedure e violazioni dell’etica. Intanto c’è un avvicinamento fra Jamie e la sua partner di lavoro.
Quando a Erin viene assegnata per investigare su un caso in cui un poliziotto in servizio è accusato di aver ucciso un sospetto che si trovava già in custodia, Frank le chiede di attenersi ai fatti e di evitare di fare cattiva pubblicità al distretto di polizia di New York. Nel frattempo, Jamie vuole che Eddie perdoni suo padre per gli errori commessi in passato.
Dopo che un detective del distretto di Danny viene ucciso mentre lavorava sotto copertura, Frank organizza una conferenza stampa con i media per trovare l’autore dell’omicidio. Frank scopre poi che la vittima aveva un grande segreto. Nel frattempo, Jamie ed Eddie aiutano Nicky a ritrovare un suo ex compagno di classe che oggi vive in strada.
In questo finale della quarta stagione: Quando Danny disobbedisce agli ordini e investiga su un caso che era per lui off-limits, scopre un’informazione che può portare serie ripercussioni all’interno del dipartimento.