Mentre le donne vengono segretamente trasferite e allontanate dalla base per la loro sicurezza, Jonas e la squadra devono svelare un complotto per assassinare il vicepresidente e il presidente eletto.
La squadra segue uno scienziato che potrebbe essere stato preso di mira dai terroristi, sperando di collegare questi stessi terroristi a un piano di assassinio presidenziale.
Mentre l'Unità indaga su un uomo che crede di contrabbandare armi nucleari, scopre che contrabbanda anche donne.
Bob e Mac si trovano entrambi nei guai quando accettano incarichi sotto copertura. Bob come chimico che nasconde la cocaina convertendola in vernice e Mac come pugile che cerca di sgominare un giro di scommesse illegali.
Uno scienziato nucleare insiste per fare un accordo con la squadra prima di rivelare informazioni su un imminente attacco terroristico a una grande città degli Stati Uniti; a Kim, Molly e Tiffy viene chiesto di lavorare sotto copertura con Jonas.
Con la speranza di truffare un terrorista e indurlo a smascherare i suoi complici prima della loro fuga, la squadra produce prove false di un attentato.
La squadra si reca in Iraq per salvare la figlia di Jonas, che è stata rapita; il Col. Ryan deve affrontare le conseguenze del suo adulterio con la moglie di Mack.
La squadra continua a cercare di salvare Betsy Blane dai rapitori siriani; Mack ha l'opportunità di vendicarsi di Ryan per la sua relazione con Tiffy.
Jonas e la squadra devono attraversare il territorio nemico per portare una giovane sposa al suo sposo, preservando una tregua tra due tribù in guerra in Afghanistan; Kim e Bob cercano di smascherare un uomo legato ai terroristi.
I tentativi della squadra di fare irruzione in un laboratorio di antrace sono ostacolati da un funzionario del Dipartimento della Difesa (Michael McKean), che crede che la sua intelligenza high-tech sia superiore alla logica del campo.
Jonas e la squadra costringono un funzionario del Dipartimento della Difesa ad andare con loro in missione e a sperimentare la realtà della guerra; una donna misteriosa si presenta al quartier generale dell'Aerodyne. Kim si riunisce finalmente ai suoi figli.
Jonas gioca una partita a baccarat ad alta posta per riconquistare i servizi di una spia della CIA che è passata dall'altra parte. Il suo successo è anche fondamentale per far cadere le accuse della corte marziale contro il membro della squadra Bridget Sullivan.
Jonas e un Mack gravemente ferito si rifugiano in un monastero dove gli viene ordinato di rubare il bene più prezioso dei monaci. Tornato a casa, a Bob viene chiesto di compiere una missione pericolosa che rivelerà a Kim il lato più oscuro del suo lavoro.
Il Presidente ordina all'unità di catturare un criminale di guerra nazista dal suo nascondiglio e di consegnarlo all'Aia. A Washington, Tom Ryan si confronta con il suo passato quando gli viene offerta una promozione a generale.
L'unità avvia un nuovo membro della squadra, mentre Jonas insegna a sua figlia Betsy come rispondere alle domande dei media sul suo rapimento e salvataggio senza far saltare la storia di copertura.
Incapaci di comunicare con il mondo esterno, l'Unità e le loro famiglie devono sopravvivere quando un gas mortale avvelena chiunque esca dalla loro comunità.
Mentre l'Unità lotta per salvare il vecchio amico di Jonas, la rottura del serbatoio dell'elicottero e i guerriglieri vicini ostacolano la loro missione. Nel frattempo, Tom ricorre a misure estreme per estrarre informazioni da un'alcolista in via di guarigione il cui marito potrebbe essere il mandante di un attacco terroristico.
I piani della missione vanno a monte e Bob deve interferire quando Jonas e Mack sono sotto copertura per trovare i terroristi che hanno ucciso il Vicepresidente.
Quando Sam attacca Bridget, gli altri membri dell'Unità devono dargli la caccia.
Un incidente casuale getta nel caos la missione attentamente pianificata da Jonas e Bob.
Molly viene rapita e usata come esca, mentre Jonas è fuori dal paese per indagare su una cellula terroristica russa.
Quando vengono rinvenute diverse bombe sporche sul suolo americano, l'Unità viene dispiegata per trovarle e diffonderle. Sul fronte domestico, le mogli si preparano al matrimonio e a un possibile divorzio.