La tempesta può essere passata, ma ora le relazioni e il romanticismo del Grey Sloan Memorial devono sopravvivere nella sua scia. I legami sono testati, l'amore è perso e l'ospedale dà l'addio al dottor. Cristina Yang. A seguito di una massiccia colata di fango, l'ospedale diventa un manicomio, e la vita di due medici è in bilico. Il dramma si intensifica mentre l'Arizona cerca disperatamente di ricucire il suo matrimonio rotto, mentre Derek e Meredith si destreggiano tra i loro ruoli di chirurghi e nuovi genitori. Nel frattempo, uno sbalorditivo tradimento mette Cristina contro Meredith e, mentre April si prepara per il suo grande giorno, un volto familiare torna in città. I grandi segreti portano a grandi problemi e trasformano i migliori amici in rivali.
Dopo la tempesta, i medici del Grey Sloan Memorial Hospital tentano di curare le vittime, ma presto trovano il Pronto Soccorso pieno. Richard rimane privo di conoscenza nel seminterrato, dopo aver ricevuto una scossa elettrica molto forte e la Bailey manda Shane a cercarlo.
Derek non riesce nel suo tentativo di salvare Heather, e Shane si sente responsabile della morte della sua collega. I tirocinanti hanno il compito di confortare la madre di Heather quando arriverà in ospedale, ma si rendono conto di essere stati dei pessimi amici per lei.
Meredith e Derek sono a casa per occuparsi del loro bambino ma la cosa li sta distruggendo fisicamente. Callie in ospedale evita Arizona e si rifiuta di collaborare con lei per un intervento.
Richard, risvegliandosi, rifiuta qualsiasi pratica medica e sembra volersi lasciar morire. La Bailey è molto preoccupata per lui ed inoltre non sa come salvare un suo paziente che la spinge a fare di più perché non vuole arrendersi.
Edwars è in ansia perché dovrà incontrare la madre di Jackson, il padre di Alex è ancora in ospedale e Jo si prodiga per inserirlo in un programma di recupero per tossicodependenti.
Meredith decide di dimostrare di poter conciliare lavoro e famiglia, si impegna dunque a iniziare una ricerca ma è indecisa sul tema da affrontare. Vorrebbe continuare un lavoro iniziato da sua madre ma non vuole correre il rischio di essere paragonata a lei.
È Halloween. Mentre Callie e Meredith si affannano per far passare una festa memorabile ai loro bambini, Arizona si risveglia con Leah nel suo letto che sembra piuttosto fredda con lei.
Meredith è elettrizzata per l’acquisto di una stampante 3D che le consentirà di realizzare un prototipo di fegato. Cristina si tiene lontana da lei perché sa di averla offesa ed insieme a Ross, si occupa di un bambino che potrebbe avere benefici proprio grazie alla stampante.
L'episodio risulta completamente slegato dal precedente e di fatto lascia in sospeso alcune situazioni che si erano venute a creare, tra cui l'utilizzo abusivo da parte di Cristina e di Shane della stampante 3D di Meredith.
Le cose sono tornate alla normalità al Grey & Sloan Memorial Hospital ora che i medici non sono più in tribunale. Ben si confida con Shepard sul comportamento strano di Bailey negli ultimi tempi, che secondo lui potrebbe essere DOC (Disturbo Ossessivo Compulsivo).
Bailey sta lavorando con una psichiatra per imparare a gestire il suo DOC (Disturbo Ossessivo Compulsivo), ma è solo con l'aiuto di Webber che finalmente ammette di avere una malattia e che ha bisogno di prendere le sue medicine.
Con l'avvicinarsi del giorno del matrimonio di April e Matthew, i medici del Grey & Sloan Memorial Hospital si preparano al grande giorno mentre si occupano dei loro problemi.
Meredith e Derek discutono sulla scelta di Derek di collaborare con il Presidente. Alex corre in ospedale mentre il padre sta per morire.
Il consiglio d'amministrazione dell'ospedale istituisce una regola di non fraternizzazione per il personale e tutte le coppie del Grey Sloan Memorial vanno in panico. Owen ed Emma discutono del loro futuro. Meredith e Cristina trascorrono del tempo insieme in amicizia. Richard chiede aiuto ai colleghi per un caso riguardante un raro tipo di tumore.
Arizona sta avendo una brutta giornata e deve parlare con un paziente in merito a una doppia amputazione. Derek infrange una promessa fatta. Stephanie e Jo trovano un bambino abbandonato. La regola contro la fraternizzazione porta a una sospensione.
Bailey chiede a Richard di unirsi a lei per un caso molto importante. Meredith decide di assumere un assistente per la sua ricerca. Callie fa una mossa scioccante nei confronti di Derek. Shane aiuta una giovane donna incinta.
Christina immagina come potrebbe essere la sua vita in base a una decisione che si trova ad affrontare.
Un paziente di Callie ha l'influenza, e il virus ben presto si espande a macchia d'olio per tutto l'ospedale, contagiando i medici, che cercano di continuare a lavorare nonostante i sintomi li rendano deboli e confusi.
Una mattina presto Cristina riceve una telefonata che potrebbe cambiare la sua vita, rendendo invidiose Meredith e la Bailey. Intanto Callie arriva ad una consapevolezza che la sconvolgera' non poco.
Cristina, infine, dopo aver cercato di risolvere come meglio poteva la situazione sempre più complicata dei tre fratelli affetti da cardiomiopatia, si reca a Boston alla cerimonia di consegna dell'Harper Avery da sola.
Meredith, Owen e Cristina tornano a Seattle dopo la disfatta di Boston, mentre April vive ancora da Callie e Arizona dopo la lite con Jackson e Alex non sa come dire alla dott.ssa Robbins che intende accettare l'offerta di lavoro dello studio privato.
Nel tentativo di far tornare indietro sulla sua posizione Catherine Avery, Richard convoca un consiglio d'amministrazione d'emergenza escludendo Jackson. Il consiglio vorrebbe appellarsi alla commissione dell'Harper Avery Award visto che il premio sarebbe dovuto andare a Christine se la Fondazione non possedesse l'ospedale.
La dottoressa Bailey decide di comunicare ai genitori di Braden, il bambino bolla, di avergli somministrato la cura che gli ha salvato la vita nonostante il loro parere contrario.
Arriva il giorno dei grandi addii al Grey Sloan Memorial Hospital.