A 3. évadban Liz szökésben van, és csak Redre számíthat. Az FBI legkeresettebb bűnözői közé kerül, miután a Cabal szövetség súlyos bűnöket próbál a nyakába varrni.
Miközben Liz és Red a Troll Farmer nevű Feketelistás segítségét kérik, Ressler kihallgatja Coopert. Dembe unokáját elrabolják.
Szétválásuk után Liz és Red újra találkoznak egy vendéglőben, ahol Ressler rájuk talál, ami egy feszült helyzetbe torkollik. Coopert arra késztetik, hogy szabadságra menjen.
Red és Liz fogást találnak a Cabalon az egyik pénzmosón keresztül, egy mezőgazdasági vállalat vezetőjén keresztül. A különítmény egy globális élelmiszerválságot fedez fel.
Red megpróbálja megtalálni a Dzsinn nevű Feketelistást, aki bosszúfantáziákat teljesít, hogy segítsen a Cabal felkutatásában és Liz nevének tisztázásában.
Miután Liz életére törnek, ő és Red egy Feketelistás nyomába erednek, aki vérdíjat tűzött a fejére. Ressler parancsot kap, hogy dolgozzon a CIA-vel.
Red és Liz egy zárkózott milliárdossal találkoznak, aki elrabolta a világ legokosabb embereit abban a reményben, hogy megmenti az emberiséget a kipusztulástól.
A különítmény egy iráni terroristára vadászik Samar múltjából, aki Mosad-ügynökök megölésében és izraeli tudósok elrablásában bűnös.
Redet egy banda elrabolja, ezért Liz túszul ejti az egyik bandatagot, hogy cserét ajánlhasson. Cooper és Tom egy kritikus fontosságú személy védelmében vesznek részt.
Lizt a tárgyalásáig fogva tartják, ám valakiknek nem áll érdekükben, hogy elérjen a szövetségi bíróságra.
A Cabal Liz meggyilkolásán fáradozik, ezért Red titokban találkozik a különítménnyel, és egy furfangos csellel megpróbál túljárni ellenségei eszén.
A különítmény rájön, hogy Rednek van egy imposztora, miközben egy maffiafőnökök által szervezett titkos találkozó után nyomoznak, amelynek célja, hogy felfedjék Red FBI-informátori kilétét.
Miután egy ritka középkori eszközzel követnek el egy gyilkosságot, Red figyelmezteti a különítményt, hogy egy, a középkorból származó halálos igazságosztó csoport feltámadt hamvaiból.
Red és Liz a különítménnyel együttműködve próbálnak megállítani egy közvetítőt, aki azért bukkant fel, hogy egyesítsen két rivális bűnöző családot. Tomban újra fellobbannak a múlt lángjai.
Red és Liz egy olyan nőre vadásznak, aki úgy tűnik, speciális igényű gyermekeket rabol. Tom segíteni akar Liznek, ám elhamarkodott terve durván félresikerül.
Miután egy internetes pénzügyi startup cég alapítóját meggyilkolják, Red egy hírhedt sorozatgyilkosra gyanakszik, akinek a bűncselekményei akár előadóművészetnek is felfoghatók lennének.
Miután egy külügyminisztériumi tisztviselőt Pekingben meggyilkolnak, a nyomok Redet és Lizt a Gondnokhoz vezetik, aki egy bűnözők biztonsági letéteit tároló páncélterem felügyelője.
Miközben Liz egy fontos ünnepségre készül, Tomot a múltja kísértetei gyötrik. Miután Solomon megszökik a rendőrbírói őrizetből, Red nyomozásba kezd.
Miután egy tragédia nyomán egyikük halálos veszélybe kerül, a csapatnak Red szokatlan módszereire kell hagyatkoznia a túlélésük érdekében. Tom és Liz váratlan hírekkel szembesülnek.
Red fájdalomtól lesújtva áll ismét munkába egy új üggyel: egy gyönyörű nő titokzatos üldözői elől menekülve szorul a segítségére.
Miközben a különítmény egy titkos csoport nyomába ered, amelynek ügynökei egy műholdrendszert irányítanak, Red találkozik egy személlyel múltjából, aki ismeri titkait.
Red magabiztosságát megingatja egy, a múltjából visszatért erős és elegáns orosz nő, aki ravaszságban és leleményességben is jó eséllyel felér hozzá.
Red és az FBI különítmény illegális eszközök bevetésére kényszerülnek, ahogy egyre közelebb jutnak a közelmúlt eseményeit kifundálni vélt bűnözőzseni kézre kerítéséhez.
Reddington és a különítmény egyre közelebb kerülnek egy tragikus haláleset fő gyanúsítottjához, ám egy váratlan belső árulás újabb veszteségekhez vezethet.