Legendaarisen tieteissarjan paluun avausjaksossa vuosikausia paranormaaleja ilmiöitä tutkinut Fox Mulder uskoo viimeinkin päässeensä jyvälle koko maailmaa uhkaavasta juonesta.
X-arkistoon palanneet Mulder ja Scully saavat ensimmäisen tehtävänsä, kun puolustusministeriön alihankkijana toimivan salaperäisen suuryhtiön tutkija kuolee järkyttävällä tavalla.
Kolmisilmäisen ihmissuden väitetään teurastavan ihmisiä Oregonin syrjäisissä metsissä. Vaan onko syypää sittenkin ihmislisko, liskoihminen vai pelkkä ihminen?
Philadelphian keskustan kodittomien siirroista vastuussa olevia viranomaisia alkaa löytyä kappaleiksi revittynä.
Itsemurhaiskun tutkinta saattaa Mulderin ja Scullyn yhteen nuoren agenttiparin kanssa, jossa on jotain hämmentävän tuttua. Mulder päätyy perimmäisten kysymysten äärelle.
Koko maailmaa uhkaava julma salaliitto alkaa viimeinkin toteutua. Scully yrittää epätoivoisena keksiä pelastuskeinoa Mulderin kadottua jälkeä jättämättä.