Lääkärit koettavat palauttaa sairaalaa päiväjärjestykseen myrskyn jäljiltä. Callie ja Arizona elävät omaa ihmissuhdemyrskyään, kun taas Meredith ja Derek ovat pökerryksissä uudesta perheenjäsenestään, pienestä pojasta. Synnytyksestä toipuvan Meredithin on tehtävä vaikea päätös, joka voi joko pelastaa tai päättää hänen ystävänsä elämän.
Catherine Avery haluaa siirtää Richardin toiseen sairaalaan lääkäreiden vastalauseista huolimatta. Shane painii tunnontuskiensa kanssa. Murheen murtama Callie päättää muuttaa Sofian kanssa pois kotoa. Cristinan ja Owenin on vaikea pysyä erossa toisistaan.
Alexin ja Jon on vaikea sinetöidä suhdettaan, koska katon alla majailee jatkuvasti kuokkavieraita. Arizona yrittää paikata kariutunutta liittoaan, ja masentunut Richard kieltäytyy hoitotoimenpiteistä. Sairaalaan tuodaan nainen, jonka viimeistä toivetta kukaan ei haluaisi toteuttaa.
Sairaala järjestää gaalan kerätäkseen rahaa myrskyn aiheuttamien tuhojen korjaamiseen. Ilta päättyy kuitenkin odottamattomalla tavalla. Shane ja Stephanie joutuvat ensiavussa tulikokeeseen, ja Alex paljastaa Jolle tarkoin varjellun salaisuuden.
Meredithillä on vaikeuksia selvitä kunnialla sekä äidin että kirurgin rooleista. Stephanie yrittää tehdä hyvän vaikutuksen Jacksonin äitiin mutta epäonnistuu surkeasti. Jo yrittää saada Alexin tutustumaan isäänsä.
Derek ja Callie työskentelevät aivojenkartoitusprojektin parissa, ja Meredith pohtii, pitäisikö hänen jatkaa äitinsä keskeneräistä tutkimusta. Sairaalaan saapuu mies, joka kauhistuu, koska hän saattaakin jäädä eloon. Alex salailee jotain Jolta.
Halloweenina sairaala täyttyy oudoista kulkijoista. Eräs kummajainen vaarantaa Leah'n hengen. Bailey suuttuu, koska Richard haluaa valita leikkaajakseen yhden harjoittelijoista. Ben kertoo Baileylle yllättävän uutisen.
Meredith testaa uuttaa 3D-tulostintaan, mutta Cristinalla ja Alexilla olisi tulostimelle parempaa käyttöä. April ja Matthew pohtivat, pitäisikö heidän unohtaa periaatteensa ja antautua lihan iloille. Baileyn käytös huolestuttaa Beniä.
Callien hoitama olympiaurheilija vammautuu hoidon seurauksena, ja Callie saa syytteen hoitovirheestä. Callien isä saapuu tukemaan tytärtään ja saa tietää tämän erosta.
Ben mainitsee vahingossa Baileyn pakko-oireista Derekille, ja seuraukset ovat vakavat. Cristinan ja Meredithin välit kiristyvät entisestään, ja Cristina turvautuu Shaneen. Häiden vieraslista tuottaa päänvaivaa Aprilille.
Meredith siirtää 3D-tulostimella tulostetun verisuoniproteesin lampaaseen samaan aikaan, kun Cristina tekee samanlaisen leikkauksen vauvapotilaalle. Aprilin siskot saapuvat auttamaan häävalmisteluissa ja tuovat Aprilin mieleen kipeitä lapsuusmuistoja. Bailey yrittää todistaa, että hän kykenee tekemään leikkauksia.
Alexin isä on hoidettavana sairaalassa, ja Alexin tunteet ailahtelevat laidasta laitaan. Shanen ylityöt alkavat näkyä hänen käytöksessään. Aprilin ja Matthew'n hääpäivä koittaa viimeinkin, ja Derek saa tärkeän puhelun.
Sairaalan ihmissuhteet ovat solmussa Aprilin häiden jälkeen. Valkoisen talon tutkijat kaivavat esiin ikävän tapauksen Derekin menneisyydestä. Ross joutuu Huntin vainon kohteeksi, ja Bailey tajuaa syyllistäneensä Beniä turhaan. Sairaalaan tuodaan potilaaksi kissan näköiseksi muutettu mies, joka katuu vuosikausia sitten tekemäänsä päätöstä.
Sairaalan seurustelukielto kuumentaa tunteita. Richard pestaa erikoistuvat lääkärit kehittämään hoitosuunnitelman nuorelle potilaalle, joka sairastaa harvinaista syöpää. Owen ja Emma puhuvat tulevaisuudesta yllättävin seurauksin.
Arizonan ja Callien välit viilenevät, kun käy ilmi, ketä vastaan ahdisteluilmoitus oli tehty. Sairaalan roskiksesta löytyy sydänvikainen vauva, joka kaipaa pikaista hoitoa. Rikottuaan seurustelukieltoa Alex saa leikkauskiellon, ja Jo joutuu vahtimaan aivokuollutta potilasta, jonka elimet on tarkoitus luovuttaa.
Richardilla on syntymäpäivä, ja Bailey antaa hänelle lahjaksi kaikkien aikojen leikkauksen. Callie ja Derek riitelevät anturien keksijän oikeuksista, ja loukkaantunut Callie järjestää Derekille ikävän yllätyksen. Shane ja Cristina etsivät koehenkilöitä porttilaskimotutkimukseen, mutta valintojen tekeminen on Shanelle yllättävän vaikeaa. Jacksonin äiti vaatii Aprilia allekirjoittamaan avioehdon.
Cristina pohtii, miten hänen päätöksensä voisivat vaikuttaa koko loppuelämään. Cristinan potilaan on päätettävä, haluaako hän elää vai kuolla.
Sairaalassa riehuu vatsaflunssaepidemia, eivätkä lääkäritkään välty siltä. Cristina ja Owen pohtivat, miksi kahdella saman perheen tyttärellä on täsmälleen samanlainen sydänsairaus. Vatsataudista kärsivän Derekin pitäisi esitellä tutkimustaan tärkeille vieraille.
Cristina nimetään ehdolle Harper Avery -palkinnon saajaksi. Tämä herättää kollegoissa ihailua, mutta myös kateutta. Bailey yrittää kehittää hoitokeinoa lapselle, joka kärsii immuunipuutoksesta, mutta tutkimus ei edisty. April ei hyväksy Jacksonin tuhlailevaa elämäntyyliä.
On aika julistaa Harper Avery -palkinnon saaja, ja Cristina haluaa lähteä palkintogaalaan yksin. April ja Jackson riitelevät uskon asioista, ja Derekin ja Meredithin on vaikea sovittaa yhteen työelämää ja lasten hoitoa.
Jackson joutuu päättämään, keiden tutkimukset keskeytetään säästösyistä. Aprilin on vaikea antaa anteeksi Jacksonille, ja Cristina joutuu päättämään, kuka hänen potilaistaan saa uuden sydämen. Derekin sisko Amy tulee harjoittelemaan perhe-elämää.
Derek tekee sisarensa Amyn kanssa vaikean siamilaisten kaksosten erotusleikkauksen. Cristina lähtee esitelmöimään Zürichiin, jossa hän tapaa tuttavan vuosien takaa ja saa yllättävän tarjouksen. Stephanielle paljastuu totuus Baileyn vilpistä.
Meredithille selviää Amyn vierailun oikea syy. Bailey joutuu kohtaamaan tekonsa seuraukset, ja Callien unelma sortuu. Yksi erikoistuvista lääkäreistä saa järkyttävän uutisen.
Ostoskeskuksessa tapahtuu räjähdys, jota epäillään terrori-iskuksi, ja sairaalaan tulvii loukkaantuneita. Meredith tekee tärkeän päätöksen.