Temporada 2

Bra'tac, el mentor de Teal'c se une al SG1. Juntos deciden hacer estallar la nave de Apophis para detener se ataque a la Tierra. Al final consiguen destruir dos nanes y escapar en dos Planeadores de la Muerte.

Carter es poseída por un Goa'uld mientras ayudaban en un planeta que sufría el ataque de estos. El Goa'uld dice pertenecer a la Tok'ra, una legendaria facción, opuesta la los Señores del Sistema Goa'uld. El Tok'ra Jolinar es asesinado, pero salva la vida de Samantha Carter.

El SG1 es condenado a prisión en un planeta, debido a interferencias con el sistema judicial de otra cultura. Lo gran escapar con la ayuda de una mujer llamada Linnea. Una vez libres, descubren que la mujer es una asesina de masas llamada la "Destructora de Mundos".

El SG-1 llega a un planeta en el que sus habitantes están encerrados en unos capullos, viviendo una realidad virtual. El Guardia los encierra a ellos también, y les impide que cuenten la verdad a los habitantes de ese mundo.

En otro planeta, Daniel impide que una mujer se suicide. Ella seduce a Daniel usando los efectos de un Sarcófago Goa'uld, para enloquecer a Daniel.

El SG-1 regresa a Cimmeria para ayudarles ante el ataque de los Goa'uld. El SG-1 losgra ontactar con Thor, quien se muestra como un Asgard. el está enfadado con la iterrupción del SG-1, sin embargo, interviene con su nave para eliminar a los invasores.

El SG-1 encuentra una esfera misteriosa. Una vez en Tau'ri, la esfera emite una eneergía. Cuando intentan mandarla por el Stargate, lanza unos ganchos, uno de los cuales, atraviese a O'Neill.

Bra'tac trae noticias de Apophis. Este a secuestrado a Rya'c. Teal'c regresa a Chulak, para rescatar a su hijo. Allí descubre que su hijo es leal a Apophis y tiene que rescatarle.

Después de un año de haber prometido al padre de Sha're, Kasuf, que la traería de regreso, Daniel, acompañado por Teal’c, vuelve a Abydos. Sin embargo, al llegar, descubre que su esposa fue dejada allí por Apophis, y que está embarazada. En la Tierra, en tanto, el programa Stargate peligra por la acción de un periodista.

Teal'c es picado por un insecto desconocido en BP6-3Q1. La picadura comienza a cambiar genéticamente su ADN. Cuando escapa del SG-1 conoce a Ally, una niña que le ayudará.

Carter descubre que aun posee los recuerdos del Tok’ra Jolinar. Ella halla la dirección de la posible base Tok'ra, y el equipo es enviado a contactar con ellos, y quizás formar una alianza. En tanto, el Gral. Hammond se entera que el padre de Carter, Jacob, está muriendo de cáncer.

Después de que los Tok'ra rechazaran la oferta de alianza con los Tau'ri, debido a que la Tierra no tiene nada para ofrecerles, ellos no permiten dejar irse al SG-1, ya que poseen la ubicación de su base. En ese momento, el anfitrión de un Tok’ra llamado Selmak está muriendo, por lo que el equipo ve allí una oportunidad para forjar una alianza y salvar la vida de Jacob Carter.

El SG-1 descubre una civilización descendiente de nativos americanos. Cuando el SGC comienza a realizar trabajos en una mina de Trinium de aquel mundo, los "Espíritus" de esta cultura indígena se ven perturbados e invaden la base. Pronto, el equipo descubre la identidad real de estos seres.

Un planeta llamado Madrona acusa al SG-1 de robar la "Piedra de Toque"; ellos dicen que hombres con uniformes del SGC lo hicieron. El equipo sospecha que quizás los ladrones estén utilizando el segundo Stargate, encontrado en la Antártida.

Explorando, el Coronel O’Neill descarga, accidentalmente, todo el conocimiento de la raza alienígena que construyó los Stargates dentro de su cerebro. Si no consiguen un modo de sacarla, él pronto morirá.

Sin saberlo, el SG-10 llega a un planeta que está cerca de un agujero negro recién formado. Cuando el SGC marca al planeta para que saber qué les ocurrió, descubre que ya están atrapados por los efectos del agujero. Más aún, los efectos de dilatación temporal han alcanzado la base, y no pueden cerrar el Stargate. Si todo sigue su curso, el complejo, y más adelante la misma Tierra, serán destruidos.

El SG-1 se encuentra con un viejo hombre, llamado Machello, quién ha sido perseguido por los Goa’uld durante años, y que además ha desarrollado tecnologías para usarlas en su contra. Sin embargo, usando uno de estos inventos, Machello cambia de cuerpo con Daniel, y luego lo utiliza para pasar el día en la Tierra.

Siguiendo una punta de Tok'ra, el SG-1 va a un planeta donde encuentran el odiado Apophis, casi muriendo y bajo el ataque de planeadores de la muerte. Vuelven con él, dándose cuenta de que fue torturado por un señor del sistema rival, con un daño duradero. Apophis exige santuario, siempre que el Dr. Fraiser pueda salvarle la vida, al menos a causa del huésped humano, pero sin un sarcófago el pronóstico de su simbionte es pésimo; él ofrece todo su conocimiento de Goa'uld a cambio de un nuevo anfitrión, es decir, su vida, revelando que fue derrotado por el terrible Sokar, una vez señor supremo del sistema hasta que lideró una alianza ...

Un avión no tripulado está explorando otro mundo cuando repentinamente se estrella, y es al parecer arrastrado lejos por los extraños habitantes del Planeta. Después que el SG-1 hace contacto, estos seres empiezan a caer enfermos. El equipo se da cuenta que quizás hayan condenado a una población entera a su fin, por lo que es su deber arreglar las cosas.

Un niño pequeño logra entrar por el Stargate al SGC, gracias a la ayuda de un ser alienígena invisible. Él viene a advertirles de una amenaza que pone en peligro a todas las poblaciones humanas de la galaxia.

Accidentalmente, una erupción solar envía al SG-1 30 años atrás en el tiempo. Con ayuda de un joven George Hammond, el equipo escapa de la base y parte en la búsqueda del Stargate, para activarlo cuando otra llamarada solar ocurra y así poder volver a su época.

O'Neill, Carter y Daniel despiertan en una cámara de estasis en el SGC, 80 años en el futuro. No obstante, el equipo sospecha que algo no está bien y pronto descubre la verdad: Han sido secuestrados por Hathor. En tanto, Teal'c despierta en la base, y al saber de la desaparición del resto del SG-1, decide dejar el SGC para hallarlos.