Temporada 6

La oficina de Conducta Profesional se niega a reasignar a Mulder y Scully a los Expedientes X debido a que los agentes Spender y Fowley han tomado sus lugares. Cuando Gibson Praise reaparece y les pide ayuda, Mulder y Scully intentan continuar con su misión, esta vez con menos amigos y acceso que nunca.

Mulder se queda atrapado en un coche junto a un hombre que ha desarrollado una seria enfermedad en el oído interno que solo puede controlarse yendo hacia el oeste a alta velocidad. Mientras Scully trata de encontrar la causa y cura del problema, Mulder y el hombre se acercan más y más hacia el Océano.

Mulder investiga la desaparición de un barco en el famoso 'Triángulo de la Bermudas'. Naufraga, y le recoge un barco tripulado por... personas que pertenecen al pasado.

Mulder y Scully aparecen en el desierto de Nevada después de una misteriosa llamada, Una vez allí, presencian el vuelo de un artefacto. Poco después, la experiencia cambiará sus vidas y las de un policía de una base militar quie estaba con ellos.

Los agentes sufren las consecuencias del incidente del desierto de Nevada, aunque hacen lo posible para que sus vidas no queden afectadas para siempre.

Mulder y Scully están juntos, el día de Nochebuena, en una supuesta mansión encantada en la que no tardan en suceder cosas, todo tipo de cosas, relacionadas con dos espíritus con ganas de hacer pasar un mal rato a la pareja de agentes.

Un pareja recibe la noticia, en plena ecografía, de que el bebé esperan llega con todo tipo de malformaciones. Poco después, en la cama, ella dice sufrir el ataque de una presencia demoniaca que se lleva a su hijo. Será el comienzo de una diabólica trama que, al final, resolverán Mulder y Scully.

Mulder y Scully investigan a una persona que vive en un pueblo de Kansas y que, presuntamente, puede influir en el clima. Será el comienzo de un enredo de amores, desamores y celos en el que, involuntariamente, se verá mezclado Mulder.

Skinner muere ante unas enfermeras que se quedan asombradas por el tono que adquiere su piel. Todo parece relacionado con una investigación suya sobre una resolución del Senado sobre el envío de tecnología a países del Tercer Mundo.

Scully investiga a Alfred Felling, un asesino que fotografía a sus víctimas para enviarle las imágenes a la policía... y que tiene el mismo aspecto que en 1964. La agente investiga un caso en el que no puede intervenir Mulder.

De nuevo, vuelve a aparecer un vagón con un quirófano dentro, en lo que será un experimento de extratrerrestres con la intención de controlar el universo.

Los miembros del Sindicato Elder 3 piensan que hay que eliminar a Cassandra, pero El Fumador no está dispuesto a aceptarlo. Mientras tanto, Mulder vuelve a sufrir chantaje a costa de su hermana y Scully investiga la vida de Fowley, que puede ser clave en todo el asunto de los híbridos y de los palnes alienígenas por controlar el universo.

En pleno huracán en la costa de Florida, una madre y su hijo sufren las consecuencias de lo que puede ser un monstruo marino, el mismo que ella dice que hizo desaparecer a su marido. El creador de los Expedientes X les encarga a Mulder y Scully que investiguen el caso.

Mulder y Scully tienen que intentar resolver un caso en el que el tiempo se repite una y otra vez, personificado en una mujer implicada en el atraco a un banco.

Un matrimonio que parece llevar una vida perfecta en el modélico barrio de Arcadia, San Diego, mueren asesinados tras recibir un extraño paquete en su correo. Los agentes Mulder y Scully deciden instalarse en la casa y no tardan en comprobar que nada es lo que parece a primera vista...

Dos marinos viajan en la bodega de un barco que lleva, entre otros muchos objetos, una jaula con un animal dentro. Poco después, Mulder y Scully indagan sobre la misteriosa muerte de los marinos, en lo que parece ser el ataque de una criatura asiática que se supone extinguida hace ciento cincuenta años.

En el estado de Mississippi, un preso recluido en una celda de castigo desaparece y, además, el alcaide aparece partido en dos. El preso, en realidad, no está vivo, y pretende saldar cuentas pendientes.

Una trama de asesinatos, en las que los cuerpos aparecen sin corazón, parecen apuntar a un escritor, vecino de Mulder y enamorado de Scully.

Mulder investiga datos sobre un extraño caso sucedido en 1947 en Rosswell, Nuevo México, el mismo lugar que se ha hecho célebre por la simulación de visita alienígena. Los hechos que estudia Mulder sucedieron durante un partido de béisbol entre un equipo de raza blanca y otro de raza negra.

cully se ve envuelta en una trama de información confidencial sobre tecnologías avanzadas, con riesgo para su vida y las de losque le acompañan.

Una pareja vuelve a su motel después de pasar un día de excursión. Después de una experiencia misteriosa, aparecen sus esqueletos en el monte. Encargado de la investigación, Mulder analiza los cadáveres y no tarda en relacionarlos con unos sucesos extraños que pasarón tiempo atrás.

En una playa africana, aparece una pieza de metal repleta de misteriosos símbolos. Un científico que se encarga de investigarlo muere poco después doctor fallece, y en el mismo riesgo van a caer Mulder, Scully y Skinner, encargados de saber qué pasa con un objeto tan extraño.