Temporada 4

Mientras están de viaje en Londres para dar una charla, Scotland Yard pide a Brennan y Booth que ayuden a sus colegas británicos en una investigación por asesinato relacionada con una rica heredera; y el marido de Angela regresa.

Pritchard pide a Booth y Brennan que les ayuden a investigar otro asesinato, esta vez uno mucho más cercano; y una decisión impulsiva que toma Cam tiene consecuencias inesperadas.

Cuando aparece en un retrete el cadáver del presentador de un famoso reality de televisión, Brennan y Booth intentan encontrar al asesino entre una larga lista de sospechosos, entre ellos muchas personas que habían sido humilladas en el programa de la víctima; y Booth descubre que Brennan tiene dos relaciones amorosas a la vez.

El hijo de Booth encuentra un dedo en el nido de un pájaro y la pista los lleva hasta un veterinario involucrado en una red ilegal de peleas de perros; y Sweets tiene un enfrentamiento con Hodgins a causa de su actitud en el laboratorio.

El cadáver sin cabeza de un escritor de libros de ciencia ficción, obsesivo compulsivo y con fobia a los gérmenes, aparece en un misterioso depósito de agua morada; sin la cabeza no hay pruebas suficientes para dar con el asesino... pero entonces Zack les echa una mano.

Los restos de la jefa de una oficina que caía mal a todos sus compañeros aparecen en el hueco de un ascensor; y Hodgins y Angela intentan llevar lo mejor posible su ruptura.

Booth y Brennan investigan la muerte de un pastor eclesiástico de Maryland con un pasado misterioso; los implantes de mama del cadáver, del que solo se conserva la mitad superior, hacen que los investigadores lleguen a conclusiones erróneas.

Los restos de un artista famoso aparecen en un coche aplastado como chatarra, y el equipo tiene que trabajar contrarreloj para encontrar pruebas de asesinato antes de que el coche se exponga como obra de arte, representando la máxima muestra del sacrificio del autor por amor al arte; entre los sospechosos está una ex novia de Angela.

Se encuentra el cadáver del padre de un inventor sin mucho éxito, pero cuando aparece un segundo cadáver el equipo tiene que seguir un rastro de engaños para averiguar quién era el verdadero timador de la vida del inventor; y Brennan tiene una cita con el hermano pequeño de Booth que le ayuda a comprender mejor a su compañero.

Mientras Booth y Brennan vuelan hacia Shangai, aparece un cadáver en el microondas del avión; intentan resolver el caso antes de que el avión aterrice en China y pierdan su jurisdicción sobre él; y Sweets ayuda a Hodgins a superar el hecho de que Angela tenga un nuevo novio.

La aparición de la calavera y varios huesos del esqueleto de un ex marine desparecido hace tiempo lleva al equipo a investigar una escuela privada de élite y a las poderosas familias de los alumnos; y Brennan se lleva un disgusto al enterarse de que su padre, que puede ayudarles en el caso, se ha hecho profesor.

Booth y Brennan se infiltran en un circo ambulante para investigar la muerte de dos siamesas malabaristas; lo consiguen haciéndose pasar por una pareja de lanzadores de cuchillos.

Booth es sospechoso de asesinato en el caso de un jugador de hockey con el que se peleó recientemente durante un partido, así que Brennan tiene que trabajar en el caso con la agente del FBI Payton Perotta; cuando Booth vuelve a patinar, le da varios consejos uno de sus ídolos del deporte, Luc Robitaille, ex jugador de Los Angeles Kings.

El Sepulturero, un asesino en serie, reaparece y secuestra a Booth, y como rescate exige que le entreguen las pruebas que podrían ayudar a capturarlo, unas pruebas que Hodgins ha estado reuniendo en secreto sin entregárselas al FBI.

El cadáver de una mujer vestida como una princesa medieval lleva al equipo a investigar una ferie de ciencia ficción y fantasía; la agente Perotta sustituye a Booth, que está de baja; gracias a la colaboración del friky Colin Fisher descubren que la víctima estaba en posesión de un valioso objeto relacionado con el mundo de la ciencia ficción que muchos matarían por conseguir.

Un vendedor de coches aparece muerto en el fondo de un desfiladero y se descubre que ya estaba muerto antes de que lo tirasen desde lo alto del puente, por lo que el suicidio queda descartado; en el laboratorio, los huesos del muerto empiezan a echar espuma, lo que provoca el cierre inmediato del laboratorio; el equipo se da cuenta de que solo tiene 24 horas para descubrir la causa de la muerte antes de que los huesos se desintegren por completo.

Un cadáver petrificado aparece enterrado en un montón de sal; la víctima es una jugadora de volleyball de dieciséis años que llevaba tres semanas desaparecida, y que había hecho un «pacto de embarazo» con sus compañeras de equipo; cuando Angela y Roxie discuten la posibilidad de adoptar un perro tienen que enfrentarse a otros problemas más serios de su relación.

El cadáver medio devorado de un hombre con el que Cam había estado prometida aparece en el zoo, en la jaula del tigre, y Booth y Brennan determinan que la muerte no fue accidental; el equipo trata de reconstruir la última tarde de la víctima e interroga a los sospechosos, entre los que se encuentra Brandon Casey, al que Sweets y Angela hipnotizan en un intento de ayudarle a recuperar la memoria.

Aparecen unos restos destrozados y pulverizados que contienen un fragmento de meteorito, lo que lleva al equipo hasta un laboratorio de física de Washington DC; la víctima estaba prometida con el fundador del laboratorio, y había estado trabajando en un proyecto extremadamente controvertido por el que había recibido varias amenazas de muerte; mientras, el padre de Angela aparece dispuesto a vengarse de Hodgins, y Sweets intenta mediar en la situación.

Una imagen de la Virgen María que aparece en una planta de reciclaje resulta ser en realidad un dibujo formado por la sangre seca de un cadáver aplastado; la víctima llevaba varios años planificando la boda perfecta, pero se descubre que su prometido no era el único hombre de su vida; ven a Daisy, la novia de Sweets, probándose un traje de novia con otro hombre; y Hodgins y Angela aceptan por fin el estado en que se encuentra su relación.

Un esqueleto humano que un grupo de death-metal usa como atrezzo resulta ser el de un bajista asesinado llamado Mayhem, del grupo musical Spew; Sweets le pide su opinión al doctor Gordon Wyatt sobre el libro que está escribiendo acerca de Booth y Brennan, y obtiene una perspectiva interesante sobre la especial relación de la pareja

Cuando uno de sus colegas muere de un ataque al corazon, Brennan encuentra huesos rotos; antes de la cremación, ella y Cam deben robar el cuerpo para examinarlo.

La hermana de un detective japonés desaparece en Washington y Booth y Brennan encuentran su cabeza decapitada; la investigación posterior los lleva hasta un servicio de señoritas de compañía de alto standing; cuando descubren que su compañera de habitación también ha desaparecido, tienen que trabajar contrarreloj para dar con el asesino.

Un cadáver aparece dentro de un disfraz de Nutria (la mascota de la universidad), y Brennan y Booth investigan si la víctima ya estaba muerta o si la mataron durante una fiesta universitaria; la víctima, un joven miembro de una hermandad al que apodaban «Castor», tenía en marcha una operación para conseguir dinero y se estaba forrando; y Booth se ofrece a ayudar a su hermano Jared a buscar un nuevo empleo tras su deshonronsa explusión de la Marina

La doctora Brennan está decida a tener un hijo por su cuenta y le pide a Booth que le done su esperma. El agente valora lo que ello podría significar, pero se decide a hacerlo.

El agente Booth y la doctora Brennan se convierten en un feliz matrimonio propietario de un club nocturno. Por su puesto, todo el reparto les acompaña.