Danny versucht, das Drogenkartell aufzuspüren, das einen Drogenkonvoi angegriffen hat, der zur Verbrennung transportiert werden sollte. Baez bleibt verletzt zurück. Frank geht vorsichtig vor.
Jamie setzt sich für einen Kollegen ein, der geächtet wurde, weil er gegen seinen Partner ausgesagt hat. Boomer stellt Frank eine schwierige Bitte.
Eddie und James versuchen, einem aufgeblasenen Detektiv das Halsband zu stehlen. Ein Polizist wird geoutet und sein Partner weigert sich, mit ihm zu fahren. Danny und Baez werden gebeten, mit neuen Partnern zusammenzuarbeiten. An anderer Stelle spricht sich Frank für Gleichberechtigung bei der Polizei aus.
Frank gerät in eine schwierige Lage, als Danny wegen exzessiver Gewaltanwendung angeklagt wird. Jamie bringt einen Obdachlosen ins Krankenhaus.
Jamie ist zur Zielscheibe geworden, nachdem er in eine missbräuchliche Beziehung eingegriffen hat. An anderer Stelle ist eine illegale Aufnahme von Henrys unsensiblen Kommentaren durchgesickert.
Frank und Danny wollen dafür sorgen, dass ein international tätiger Schwerverbrecher, der Mordanklagen immer entgeht, hinter Gitter kommt. Erin erwägt, sich als Arzt niederzulassen, nachdem sie sich über die Studiengebühren für Nicky informiert hat. Danny gerät mit seinem neuen Chef aneinander.
Ein Vorstellungsgespräch läuft für Frank schlecht, nachdem er vom Interimsstaatsanwalt überrumpelt wird. Danny und sein neuer Chef müssen sich mit einer Schießerei aus einem vorbeifahrenden Auto auseinandersetzen.
Frank sieht sich mit heftigen Reaktionen der Öffentlichkeit konfrontiert, nachdem es während einer Auseinandersetzung zu einer Fehlfunktion der Körperkamera eines Polizisten kommt.
Bei der Ermordung dreier prominenter Gemeindeführer handelt es sich offenbar um Hassverbrechen.
Frank versucht, Beweise gegen einen mutmaßlichen Polizistenmörder zu finden, der vor Jahren einen von Henrys Kollegen erschossen hat. Unterdessen untersuchen Danny und Baez eine Reihe von Morden, an denen Pornostars beteiligt sind.
Danny ist hin- und hergerissen, als er erfährt, dass eine Gruppe hochtrainierter Armeeveteranen für einen Raubüberfall verantwortlich ist. Als sich unterdessen herausstellt, dass eine Bombendrohung in einer U-Bahn das Werk eines berühmten Straßenkünstlers ist, streiten Garrett und Gormley darüber, wie sie mit den Folgen umgehen sollen.
Jamie schaltet Danny ein, als er einen obdachlosen Teenager findet, der behauptet, seine Tante sei von ihrem Freund umgebracht worden. Unterdessen ist Erin wütend, als McCoy sie als Staatsanwalt in einem Fall ersetzt, in den ein Justizvollzugsbeamter verwickelt ist.
Danny und Baez ermitteln, als ein Hausbesitzer einen Eindringling erschießt, nur um herauszufinden, dass der Eindringling ein Auftragsmörder ist. Außerdem versucht ein junger Anwalt, seiner Mutter Gerechtigkeit widerfahren zu lassen, die Erin vor 12 Jahren wegen Mordes eingesperrt hatte.
Danny und Baez untersuchen den Mord an einem Bewohner mit niedrigem Einkommen in einem Luxusgebäude, in dem 20 Prozent der Wohnungen für einkommensschwache Bewohner erschwinglich sind. Außerdem hat Frank ein Problem mit einem Detektivfreund von Gormley, der seine Position durch Gesetzeslücken ausnutzt.
Als ein Kronzeuge in einem Doppelmordfall ausfällt, wird Erin beauftragt, einen geschützten Informanten der Mafia für einen Fall nach New York zurückzubringen und ihn zu beschützen. Dabei helfen ihr Danny und Baez. Außerdem gerät Frank in angespannte Verhandlungen mit Bürgermeister Poole über die Vergünstigungen für Polizisten.
Als ein emotional verstörter Mann Baez in einem Verhörraum mit vorgehaltener Waffe als Geisel hält, nachdem sie ihm eine einstweilige Verfügung zugestellt hatte, muss Danny versuchen, seine Forderungen zu erfüllen, bevor er ihm Schaden zufügt. Frank steht vor einem persönlichen und moralischen Dilemma, als Garrett ihn um Hilfe bittet, die gegen seinen Sohn erhobene Anklage fallen zu lassen.
Erin ist erschüttert, als ein Unbekannter in ihre Wohnung einbricht und auch ihre Kollegin angreift. Unterdessen entdecken Jamie und Eddie eine Rohrbombe in der Wohnung einer älteren Dame und Frank nimmt eine Wohltätigkeitsorganisation unter die Lupe, die Geld für das NYPD sammelt.
Eddie begibt sich auf ihren ersten Undercover-Einsatz, um einen Entführungsring zu untersuchen, der über gefälschte Jugendherbergs-Websites junge Frauen ins Visier nimmt. Unterdessen hilft Frank einer Frau, die er aus seiner Anfangszeit kennt, den Häftling wiederzutreffen, der ihre Familie umgebracht hat.
Frank legt sich mit einer Enthüllungsjournalistin an, die sich weigert, ihre Quelle preiszugeben, obwohl diese zugibt, einen Mord begangen zu haben. Außerdem wird Danny im Rahmen eines Programms des New Yorker Polizeidiensts, das darauf abzielt, Jugendliche zu besseren Entscheidungen zu bewegen, mit einem problematischen Teenager zusammengebracht.
Als ein Verdächtiger freiwillig zugibt, einen Starkoch aus einer Reality-Show in seinem eigenen Restaurant getötet zu haben, sind Danny und Baez davon überzeugt, dass der Verdächtige für jemand anderen die Schuld auf sich nimmt. Außerdem steht Frank vor einem moralischen Dilemma, als ein langjähriger Freund, Senator Ted McCreary, Frank um Hilfe bittet, um eine Anklage wegen Trunkenheit am Steuer zu verhandeln, und die investigative Journalistin Anne Farrell zurückkehrt.
Als der stellvertretende Polizeichef Donald Kent, ein Kommandant der Gang-Abteilung des NYPD, und seine Frau bei einem mutmaßlichen Bandenmord niedergeschossen werden, befiehlt Frank, alle Mann einzusetzen, um den Mörder seines Freundes zu fassen. Im ersten Teil des zweiteiligen Staffelfinales suchen Danny und Baez Mario Hunt auf, ein bekanntes Mitglied einer tödlichen Gang.
Als ein Mitglied des Reagan-Clans erschossen wird, versucht Danny, das verantwortliche Bandenmitglied ausfindig zu machen, ohne sich von seinen Gefühlen überrumpeln zu lassen. Außerdem muss er kreativ werden, um Zeugen zu finden.