Jane se po třech měsících ve vazbě CIA podaří utéct na svobodu. V tu chvíli na scénu přichází agentka NSA Nas Kamalová, která rekrutuje Wellerův tým k tomu, aby Jane opět zatkli. To se jim nakonec podaří a Jane je podrobena modernímu a naprosto přesnému zařízení detekujícímu lži, díky kterému se tým konečně dočkává tolik chtěných odpovědí. "In Night So Ransomed Rogue", název této epizody, je anagramem pro "Nothing Is More Dangerous" (v překladu Nic není víc nebezpečné).
Shepherd chce, aby se Jane a tým soustředili na další tetování, které je spojené s jedním mexickým drogovým kartelem. Mezitím se Weller dozvídá nečekanou zprávu od Allie, Reade se snaží přimět svého známého, aby svědčil proti jejich bývalému trenérovi, a Borden pozve Pattersonovou na rande. "Heave Fiery Knot", název této epizody, je anagramem pro "They Invoke Fear" (v překladu Vzývají strach).
Jane se probouzí a uvědomí si, že ji vězní Sandstorm. Shepherd pochybuje o její věrnosti, proto jí přidělí úkol zabít jednoho inženýra, který měl za úkol navrhnout mikročip důležitý pro misi. FBI a Wellerův tým se mezitím soustředí na sérii bombových útoků. "Hero Fears Imminent Rot", název této epizody, je anagramem pro "For Their Moment is Near" (v překladu Jejich chvíle se blíží).
Další tetování zavede tým do muzea na jeden gala večer, kde bude třeba zastavit nebezpečnou vražedkyni. Reade se mezitím začíná psychicky hroutit a Jane se díky Romanovi dozvídá i o mírnější stránce své bývalé organizace. "If Beth", název této epizody, je anagramem pro "The FBI" (v překladu FBI).
Wellerův tým se pouští do vyšetřování pokusu o atentát na státního senátora, o němž se později zjistí, že je hlavou irské mafie. Pattersonové se mezitím podaří dekódovat soubor od Mayfairové a Jane se od Shepherda dozvídá pravdu o tom, jak se po zranění dostala z Afghánistánu zpět do Spojených států. "Condone Untidiest Thefts", název této epizody, je anagramem pro "Defends The Constitution" (v překladu Chrání ústavu).
Zapatová vidí Reade, jak stojí nad mrtvých tělem trenéra Jonese, jenže Reade trvá na tom, že ho nezabil. Jane se spolu s Romanem vydává na misi, jejímž cílem je ukrást mikročip pro Sandstorm. Weller a Nas se mezitím vydávají do Bulharska, aby našli Douglase Wintera, a nečekaně před nimi přeskočí jiskra. "Her Spy's Mind",název této epizody, je anagramem pro "Shepherd's Army" (v překladu Shepherdova armáda)
Systémy FBI čelí útoku, za nímž stojí Rich Dotcom, který si opět přišel hrát. Tentokrát je však v sázce jeho život, protože po něm jde nájemný vrah přezdívaný Arcadian. Tomu se podaří dostat se na základnu a kromě zabití dvou agentů připraví také chemickou bombu, kterou umístí do výtahu. Tým čeká velmi náročný den. "Resolves Eleven Myths", název této epizody, je anagramem pro "Only Serve Themselves" (v překladu Slouží jen sobě).
Když Jane a Weller zmizí během mise v utajení, pobočku FBI navštíví Weitz, aby provedl vyšetřování praktik, které tým provozuje. Společně musí vyslechnout dva dopadené zločince a zjistit, co se Jane a Wellerovi skutečně stalo, a to dřív, než bude pozdě. To ale nebude snadné, protože jim Weitz podkopává nohy. "We Fight Deaths on Thick Lone Waters", název této epizody, je anagramem pro "When The Soldiers Attack, We Fight On" (v překladu Když vojáci útočí, bojujeme také).
Jane se ocitá na základně Sandstormu a podaří se jí zjistit, co má organizace za lubem, a zároveň informovat o tom FBI. Weller spolu s týmem dorazí na místo, to už je ale Jane v rukách Shepherd, která jí odhalí, že celou dobu věděla o její tajné spolupráci s FBI, a zároveň prozradí totožnost zrádce v řadách FBI. "Why Let Cooler Pasture Deform", název této epizody, je anagramem pro "We Shall Protect Your Freedom" (v překladu Budeme chránit vaši svobodu).
Pattersonová schytala kulku od Bordena, který ji unese a vezme za Shepherd, aby z ní dostali informace. Roman s čerstvě vymazanou pamětí uteče Jane a ta se jej marně snaží najít. Tým má tedy dva náročné úkoly naráz; musí najít Pattersonovou dřív, než bude pozdě, a zároveň musí najít Romana, aby z něj dostali cokoliv podstatného, pokud si vůbec něco pamatuje. "Nor I, Nigel, AKA Leg in Iron" je palindrom, tj. lze ho číst z obou stran jako totéž. Prostřední písmeno má začít utvářet vzkaz, první z nich je K.
Pattersonové se ani po dvou týdnech nepodařilo odhalit význam tajemně odstraněného tetování, jiné z nich se jí ale podaří rozluštit a tým tak má další případ. Na americké půdě má proběhnout bombardování a v sázce jsou tisíce životů. Roman je mezitím podroben testu ve snaze odblokovat jeho paměť a mezi Zapatovou a Readem panuje nepříjemné napětí. "Droll Autumn, Unmutual Lord" je palindrom, tj. lze ho číst z obou stran jako totéž. Prostřední písmeno má začít utvářet vzkaz, druhé z nich je U (KU).
Tým se i přes prvotní váhání rozhodne poslat Romana na akci v utajení, aby zjistili více o jeho spojení s nebezpečným motorkářským gangem, a po jeho boku je Jane, která ho má držet na uzdě. Reade mezitím čelí nečekané návštěvě a Borden se snaží působit autoritativně u tajemného projektu Sandstormu. "Devil Never Even Lived" je palindrom, tj. lze ho číst z obou stran jako totéž. Prostřední písmeno má začít utvářet vzkaz, třetí z nich je R (KUR).
Tým dochází k velkému průlomu v případu organizace Sandstorm, když odhalí skutečnou totožnost Shepherd a zároveň desítky let staré spojení mezi ní a Wellerem. "Name Not One Man" je palindrom, tj. lze ho číst z obou stran jako totéž. Prostřední písmeno má začít utvářet vzkaz, čtvrté z nich je T (KURT).
Další tetování zavede tým k jednomu mocnému vysokoškolskému spolku. Aby jej však mohla FBI infiltrovat, bude potřebovat pomoc od jednoho z členů, kterým je Rich Dotcom. "Borrow or Rob" je palindrom, tj. lze ho číst z obou stran jako totéž. Prostřední písmeno má začít utvářet vzkaz, páté z nich je W (KURTW).
Poté, co ze série tetování vzejde několik stop, se tým rozdělí do neobvyklých párů. Weller a Roman, Jane a Zapatová, Pattersonová a Reade se vydávají zatknout vražedného kurýra ze zločineckého podsvětí. "Draw O Caesar, Erase a Coward" je palindrom, tj. lze ho číst z obou stran jako totéž. Prostřední písmeno má začít utvářet vzkaz, šesté z nich je E (KURTWE).
Weller a Jane se díky Nas konečně setkávají s jejím zdrojem uvnitř Sandstormu a zároveň dochází ke střetnutí se starým nepřítelem. "Evil Did I Dwell, Lewd Did I Live" je palindrom, tj. lze ho číst z obou stran jako totéž. Prostřední písmeno má začít utvářet vzkaz, sedmé z nich je L (KURTWEL).
Jane a její nová láska Oliver se ocitají v nebezpečné situaci, v jejímž důsledku jsou odhalena jejich tajemství. A zatímco jim tým v čele s Wellerem běží na pomoc, Jane a Oliver musí zjistit, zda si mohou věřit. "Solos" je palindrom, tj. lze ho číst z obou stran jako totéž. Prostřední písmeno má začít utvářet vzkaz, osmé z nich je L (KURTWELL).
Tým se musí začít bránit, když je začne vyšetřovat jejich starý rival. Mezitím je další tetování přivádí k záhadné smrti v pěstounském domově. "Senile Lines" je palindrom, tj. lze ho číst z obou stran jako totéž. Prostřední písmeno má začít utvářet vzkaz, deváté z nich je E (KURTWELLE).
Jane a Weller se vydávají na akci v utajení, aby se přidali k mocné skupině hackerů a jejich lovu na přísně tajné dokumenty. Shepherd mezitím cestuje do Thajska kvůli nebezpečné zbrani.
Zapatovou dostihnou její hříchy, což vyústí v její uvěznění po boku agentky Sandstormu jménem Devon. Weller a spol. musí zajít extrémně daleko, aby Zapatovou dostali z vězení.
Týmu se konečně podaří zlomit člena Sandstormu, což je povede k obrovskému průlomu vedoucímu k odkrytí toho, co obnáší druhá fáze. Jane mezitím musí považovat Romana za nepřítele.
Zatímco se FBI vypořádává s tragédií, Weller se ocitá uprostřed překvapivé události. Jane je mezitím postavena před nejistou budoucnost.