Po Mulderově zmizení se Scullyová vrací do centrály FBI, kde najde zvláštního agenta Johna Doggetta, který po jejím partnerovi pátrá. Protože Scullyová a Skinner vědí, že tento typ pátrání bude marný, obrátí se na Osamělé střelce v naději, že se jim podaří odhalit informace o další aktivitě UFO v době Mulderova zmizení. Ačkoli je tyto informace dovedou ke Gibsonovi Praiseovi, muž s Gibsonem, který vypadá jako Mulder, je ve skutečnosti mimozemský lovec odměn. Agent Doggett si konečně uvědomí, že Muldera jen tak snadno nenajde, a je oficiálně přidělen k Aktům X. Nyní, po všem, co s Mulderem prožila, je to Scullyová, kdo je "věřící" a kdo musí najít způsob, jak spolupracovat se "skeptikem" Johnem Doggettem.
Agentka Scullyová pátrá po Mulderovi. FBI sestavila tým agentů, kteří mají vést oficiální pátrání po Mulderovi. Tým vede John Doggett.
Agentka Scullyová stále pátrá po Mulderovi. Hledání jí zavede do Arizonské pouště, kde se skrývá Gibson Prais, jehož DNA je důkazem existence mimozemského života - Gibson je napůl člověk, napůl mimozemšťan.
Agenti Scullyová a Doggett se dostávají na stopu nelítostného netopýřího netvora.
Agentka Scullyová narazí v poušti Utahu na zapadlou osadu, jejíž osadníci jsou sdruženi v tajemném náboženském kultu.
Agentka Scullyová řeší případ sedmiletého chlapce, uneseného před deseti lety, který se vrátil, ale nezestárnul.
Černošský muž prožije 5 nejšílenějších dnů svého života - ale tokem ketápzan usač - .ykležnam évs aharv ohévarp lilahdo yba atoviž ohévs ůnd hcíšjěnelíšjen 5 ejižorp žum ýksšonreČ - mekot ela času nazpátek - aby odhalil pravého vraha své manželky.
Agent Doggett se pouští do pátrání po vůdci kultu, vyznávajícího pouť cestou temnoty k vyšší formě lidského bytí.
Agenti Scullyová a Doggett narazí na vraha s rentgenovým zrakem.
Agenti Scullyová a Doggett musí zabránit muži v tom, aby vraždil ty, kteří mu zničili život. Muž je totiž výsledkem experimentu a jeho téměř nezničitelné tělo je z kovu.
Agenti Scullyová s Doggettem se dostanou na stopu Siddhů, mocného řádu fakírů, kteří ovládají nadpřirozené schopnosti.
Agent Doggett ve snaze zjistit víc o Mulderově zmizení otevírá rok starý případ, který jeho předchůdce držel před Scullyovou v tajnosti.
Ve vagonu bostonského metra zemře podivnou smrtí tajný policista. Neznámá látka mu sežrala třetinu tělesné tkáně a agenti Doggett a Scullyová mají na vyšetřování pouze pět hodin, než bude obnoven plný provoz.
Muž, který v minulosti kontaktoval agenta Muldera s tvrzením o tom, že jeho manželku unesli mimozemšťani se nyní snaží přesvědčit agenty Scullyovou a Doggetta, že do jeho manželky nedávno implantovali mimozemský plod a po porodu jí zabil její vlastní lékař.
V poušti v Montaně je nalezena žena, která byla unesena mimozemšťany těsně před Mulderem. Zanedlouho se objeví i další unesený, jenže tentokrát mrtvý, a Scullyová propadne oprávněné panice, že stejně dopadl i Mulder.
Tři měsíce po Mulderově pohřbu vyloví rybáři z moře rozkládající se tělo mladíka, jehož mimozemšťané unesli v tutéž dobu jako Muldera. Když se mrtvý v márnici nepochopitelně probere k životu, svitne nová naděje i Scullyové a Skinnerovi.
Před Bílým domem je zastřelen muž a to, co vypadá jako nešťastná náhoda, se později ukáže jako záměrný čin. Muž byl jedním ze stoupenců kultu UFO, jehož vůdce posléze přinutí agenta Doggetta, aby mu pomohl získat informace o mimozemšťanech, kteří "již jsou mezi námi".
Mladík, kterého zrovna vyhodili z práce, zastřelí svého šéfa a jeho sekretářku bezprostředně poté, co do něj vstoupí démonická postava v plamenech. Agentka Reyesová si je přitom jistá, že existuje spojení mezi tímto případem a smrtí Doggettova syna.
Podivná smrt těžařů přivádí agenty Doggetta a Muldera na ropnou plošinu v Golfském zálivu, kde zjistí, že celá posádka je již infikována mimozemským černým olejem.
Agentka Scullyová odchází na mateřskou dovolenou a Doggettovi je přidělena nová partnerka, které sice chybějí zkušenosti, zato má ale dokonale nastudované případy Akt X. Při pátrání po dvou zmizelých osobách se však oba agenti ztratí taktéž, a na scénu se musejí vrátit agenti Mulder a Scullyová.
Agenti Mulder a Doggett musejí spojit síly, aby vyšetřili žhářský útok na genetickou laboratoř, při kterém přišel o život jeden z lékařů. Ten se podílel na experimentech s mimozemskými embryi.
Agentka Scullyová se na odlehlém místě chystá k porodu. Ve chvíli, kdy má dítě přijít na svět, obklíčí sídlo nezničitelní mimozemští replikanti a vyčkávají.