Dva agenti z naprosto odlišných prostředí spojí své síly, aby vyřešili případy, které FBI označila jako Akta X a které se týkají paranormálních nebo nevysvětlitelných jevů. Oba jsou odhodláni odhalit skryté pravdy - jeden hledá odpovědi z jiného světa, druhý se snaží najít vědecká vysvětlení, která jsou spíše pozemská. Společně učiní objevy, které si ani jeden z nich nedokázal představit.
Agentka Scullyová je nasazena na svého kolegu Muldera. Jejich první případ je zavádí do Oregonu, kde se odehrála série vražd.
Mulder a Scullyová odjíždějí na Ellenovu leteckou vojenskou základnu v Idahu, aby tam vyšetřovali případy záhadného zmizení zkušebních pilotů.
Mulder a Scullyová řeší vraždy, při nichž byla obětem vyrvána játra z těla.
V popředí další epizody je zmizení dívky v oblasti častého výskytu UFA.
Agenti Mulder a Scullyová na stopě stvoření, které požírá bezdomovce.
Agenti Mulder a Scullyová vyšetřují smrt dvou mužů, které usmrtila silná psychokinetická energie.
Na svátek Halloweeen luští agenti Mulder a Scullyová smrt muže, kterého nejspíš zabil myslící počítač.
Agenti Mulder a Scullyová odlétají na odlehlou stanici na Aljašce, aby tu vyřešili smrt geofyziků, kteří byli zabiti neznámou parazitickou formou života.
Když dojde k sabotáži vesmírné mise, Mulder se obává, že to je práce mimozemského ducha, který vstoupil do těla bývalého astronauta.
Budoucnost projektu Akta X je v ohrožení, když se Mulder tajně infiltruje do vládního programu, který má kamuflovat nehodu UFO.
Agenti Mulder a Scullyová pátrají po dvou dívkách, které zmizely poté, co jejich otcové zemřeli za totožných okolností. Stopy je dovedou ke genetickému experimentu s děsivými následky.
Agenti Mulder a Scullyová spojují síly s inspektorkou Scotland Yardu, když muž s pyrokinetickými schopnostmi upaluje členy britské aristokracie.
Agentka Scullyová věří, že proroctví odsouzence na smrt mohou vést k dopadení krutého vraha.
Člen náboženské sekty, který je schopný měnit pohlaví, se stává hlavním podezřelým v případu série vražd.
Vědomí nebezpečného zločince ovládá agenta FBI, který býval přítelem agentky Scullyové.
Zločinec, který měl již před lety zemřít ve vězení, chystá Mulderovi odvetu.
Agenti Mulder a Scullyová se stávájí terčem dezinformační kampaně, když se pokoušejí sledovat tajný vládní transport s důkazy existence mimozemského života.
Agenti vyšetřují pastorství vedené mužem, jehož syn disponuje schopnostmi léčit i zabíjet pouhým dotykem ruky.
Agenti Mulder a Scullyová pátrají po tajemném netvorovi, o kterém se šíří dávné indiánské legendy.
Skupina dřevorubců v odlehlém lese narazí na tisíce smrtících hmyzích tvorů, kteří své oběti paralizují a pak zabalí do zámotku.
Eugen Tooms, kterému Mulder pomohl do vězení, byl podmínečně propuštěn.
Osmiletá dívka se stává hlavní podezřelou v sérii bizarních, zdánlivě nesouvisejících úmrtí.
Když v aeronautické výzkumné laboratoři zemře za záhadných okolností několik vědců, agenti z jejich vraždy začnou podezírat mentálně zaostalého údržbáře.
Muž z Pentagonu nabízí Mulderovi zásadní případ, který se týká zmizelého uprchlíka i klonování mimozemských virů.