След като д-р Даниел Джаксън успява да намери адреса на изгубения град на древните. Командването на програма Старгейт събира международна експедиция за изследване от военни и цивилни, водена от д-р Елизабет Уиър, които отпътуват към галактиката Пегас в търсене на изгубения град Атлантида, изоставен от могъщата раса. Изглежда, че може да лесно да отидат в галактиката Пегас и съживят града на древните? Но там не минава всичко без проблеми: оказа се, че в тази галактика също съществуват раси, които могат да унищожат както Земята така и другите светове в Млечния път, наричани Призраци и Репликатори.
Robert C. Cooper, Brad Wright
20 Эпизодs
2004
Премиерата на първия сезон се проведе в Съединените щати на 16 Юли 2004 . Експедиция под командването на д-р Елизабет Уиър се отправя към града на древните, наричан Атлантида. Експедицията от Земята доста бързо попада в сериозна беда в галактиката Пегас и те биват принудени да търсят съюзници в тази нова галактика, но заедно с новите си приятели те се сдобиват и с нови врагове, наричани Призраците. Откъснати от Земята, екипът трябва със собствените си сили да опита да се справи с технологиите на древните и да намери начин да се защити от Призраците. Майор Джон Шепард сформира екип за «първи контакт» , в който включва себе си, Родни МакКей, лейтенант Ейдън Форд и лидера на Атозианците - Тейла Емаган . По време на една от първите си мисии те се сдобиват и с още един враг в лицето на Дженаите - милитаристична човешка цивилизация с технологии на нивото от 1960 год. на замята. Сезонът завършва по време на обсадата на Атлантис от ескадрилата на Призраците.
20 Эпизодs
2005
Премиерата на втория сезон се проведе в Съединените щати, 15 юли 2005 година. Атлантида с помощта на пристигналият на време кораб от Замята първоначално успява да избегне първата ескадрила на Призраците. След това карат и втората обсадна флотилия, състояща се от дванадесет кораби кошери да повярват в самоунищожението на града. Също така членовете на експедицията успяват да установят и периодична комуникация, благодарение на новият междугалактически крайцер за Земята, наречен Дедал и новото МНТ. Шепърд бива повишен в чин подполковник и бившият беглец Ронън Декс се присъединява към екипа на Шепърд, на мястото на избягалият лейтенант Форд. Основната сюжетна линия през този сезон се основава на работата на д-р Бекет върху ретровирус, способен да преобразува призраците в хора. Първите експерименти с все още «суров» вирус водят до катастрофални резултати с момиче рейф (призрак) и почти довеждат до смъртта на Шепърд. Изпитателна но подобрена версия довежда до нееднозначни резултати с рейфа Майкъл. Сезона завършва с неясен край, когато флотилия от два модернизирани Призрачни кораби кошери започват своя полет към Млечния път и към Земята.
20 Эпизодs
2006
20 Эпизодs
2007
20 Эпизодs
2008